W sumie to Debian. Fedora może na upartego też być, ale za często robią poważne zmiany w systemie. Ubuntu j.w.
Gentoo jeśli chcesz to zrobić po swojemu. Arch ma zbyt słabe wsparcie wirtualizacji w binariach i tak, a Sabayon niekompletne.
Alternatywnie bierzesz gotowca. Jeśli robisz wirtualizowany desktop, to istnieje takie cudo jak Qubes OS. (Na bazie Fedory z KDE lub Xfce. Jest kilka innych systemów w template - Fedora, Debian i Arch. Jak chcesz, mam też prawie gotowego Sabayona.)
R.