Nie wiem co rozumiesz przez koniec świata, ale IMHO wyglądać to powinno tak:
 
Siedzi sobie gdzies w ukryciu (np. zakopany w podwórzu) serwer.
Podwórze to zły pomysł, jeśli ma być bezpiecznie. Proponowałbym raczej
opuszczony teren, starą kopalnię (Góry Ural? ;D) czy coś w tym stylu jako lokację
dla bunkru przeciwatomowego. I tam dopiero serwer. Zabezpieczy to przed wszelkimi
atakami z powietrza, nie będzie przypadkowych "gości", turystów (jeszcze na koniec
trochę poczekamy ;).
 
Jedyne, co do niego jest doprowadzone fizycznie to jakoś (jak?) dyskretnie zasilanie.
Mały reaktor jądrowy. Opcja chyba już nawet osiągalna, a jeśli nie, to w niedalekiej przyszłości.
 
Całość jest zabezpieczona przez wodą, zimnem, przegrzaniem i - opcjonalnie - EMP.
Ochrona przed EMP dość ważna w moim przekonaniu (wszelkie wybuchy słoneczne itd.).
Klatka Faradaya powinna wystarczyć.

Ze światem się łączy przez wifi jedynie.
Żadne WiFi. Najlepiej kilka różnych źródeł sieci. Proponuję światłowody jako główną
metodę łączności ze światem i jakiś moduł zewnętrzny do komunikacji satelitarnej.

Natomiast jego kryptowość polega na tym, że normalnie, jak nie pracuje,
to siedzi cicho i jest nienamierzalny radiowo. Idea jest taka, że jak
przyjdą źli ludzie, to go nie bedą w stanie znaleźć, o ile nie będzie
akurat aktywny (kwestia aktywowania go, jak potrzebujemy jego usług,
pozostaje otwarta).
Nie wiem co mają źli ludzie do końca świata. Myślisz, że ktoś będzie miał w interesie
zniszczenie świata? Albo, że będzie przejmował się jednym serwerem. Łatwiej pozbyć się
człowieka mającego do niego dostęp. Chociaż nie wiem jakie planujesz zastosowanie
dla takiej maszyny.
 
Czy ktoś coś podobnego widziała/słyszał/wymyslił?
 Ja nie słyszałem, ale pewnie w internecie by się coś znalazło.

Inna sprawa, że lepiej do tego nadałaby się sieć serwerów lustrzanych. Najlepiej na
różnych częściach Ziemi. Wyeliminuje to zagrożenie od strony czynników naturalnych.

--
Tracerneo