W jaki sposób planujecie pozbyć się zamkniętych binarnych fragmentów
oprogramowania, zaszytych w takich miejscach jak Intel Management Engine,
Firmware Support Package/VSA/SMM, karty graficzne, karty sieciowe, itp.?

To jest jedno z tych zagadnień, które właśnie wymaga konsultacji. Wydaję mi się, że odpowiednio dobierając hardware możnaby pozbyć się binarnych blobów z systemu.